Событие огромного политического значения — русско-японская война 1904-1905 годов — нашло свое продолжение на полях судебных баталий. Расчеты царского правительства оказались ошибочными. При полной неподготовленности к войне плохо вооруженных войск под командованием бездарных генералов война закончилась полным поражением царской России. Царское правительство под давлением общественного мнения сделало попытку привлечь к суду своих генералов как виновников поражения. Они лишь для видимости были осуждены и направлены на короткий срок в Екатерининскую куртину Петропавловской крепости.

С общественно-политической ­точки зрения наибольший интерес вызвали осужденные по двум процессам, связанным с русско-японской войной. Это были контр-адмирал Небогатов, начальник эскадры; капитан 1-го ранга, командир эскадренного броненосца «Николай I» Смирнов; капитаны 1-го ранга и командиры броненосцев береговой обороны: «Адмирал Апраксин» — Лишин и «Адмирал Се­нявин» — Григорьев. Также был осужден генерал-адъютант Стессель, начальник Квантунского укрепленного района. Судебные процессы Небогатова и Стесселя не могли не вызвать общественного резонанса. Казалось бы, что позорная сдача крепости и эскадры без боя является тяжким преступлением против родины. Закон грозил за это смертной казнью. Это наказание и было упомянуто в приговорах по обоим процессам. В окончательном же приговоре наказание смертью было заменено «по высочайшему милосердию» заключением в крепость на десять лет каждого осужденного. Однако и на этом милосердие не остановилось — повелением царя были чрезвычайно облегчены условия содержания в крепости этих осужденных, а вскоре были сокращены сроки заключения: вместо десяти лет приговоренные генерал-адъютант, контр-адмирал и капитаны 1-го ранга провели в заключении не более двух лет и одного месяца. Наибольшую скидку получил самый старший по чину — Стессель, осужденный за сдачу Порт-Артура. Он провел в Екатерининской куртине всего один год и два месяца.

Процесс Небогатова, трех капитанов — Смирнова, Лишина и Григорьева, а также офицерских чинов эскадры — всего 7 человек — рассматривался особым присутствием военно-морского суда Кронштадтского порта с 22 ноября по 11 декабря 1906 года.

В состав суда входили: председатель — генерал-лейтенант Бабицин, члены: вице-адмиралы Зеленый и Сиденснер, контр-адмиралы Невинский и Молас, подполковник Эйкар. Обвинение представлял товарищ военно-морского прокурора генерал-майор Вокаг.

На стороне защиты в процессе приняли участие многие известные адвокаты того времени, в частности, присяжные поверенные: Аронсон, Волкенштейн, Базунов, Квашин-Самарин, Маргулиес, Левинсон, Казаринов, Карабчевский, Коровиченко, Рапопорт, Пеликан и другие.

В ходе судебного разбирательства выяснилось, что после разгрома японцами русской эскадры при Цусиме командование над эскадрой принял контр-адмирал Небогатов. В нее входили два эскад­ренных броненосца — «Николай I» и «Орел» и два броненосца береговой обороны — «Адмирал Апраксин» и «Адмирал Сенявин». Из этих судов был сильно поврежден «Орел», в который попало до 100 неприятельских снарядов, и корабль представлял собой обгорелую груду стали, чугуна и железа. На нем было много убитых и раненых солдат и офицеров. На «Адмирале Апраксине» серьезных повреждений не было, а в броненосец «Адмирал Сенявин» не попал ни один неприятельский снаряд. Эскадренный броненосец «Николай I» имел несколько пробоин, часть шлюпок была уничтожена, осталось мало снарядов.

На рассвете 15 мая 1905 года появилось 28 неприятельских судов, преследовавших эскадру Небогатова. Команды русских кораблей разошлись по местам и готовились к бою. Никто не допускал мысли о сдаче. Все ждали приказаний, готовые исполнить свой долг. Контр-адмирал Небогатов находился на броненосце «Николай I», капитан которого — Смирнов — первым поставил перед адмиралом вопрос о сдаче японцам. Небогатов принял это предложение и приказал поднять белый флаг и сигнал о сдаче. Остальные броненосцы последовали его примеру. Сдача без боя вызвала среди команды подавленность и отчаяние, некоторые плакали, но энергичного действенного протеста не последовало. Адмирал Небогатов, собрав команду, объяснил ей, что «решился на сдачу ради спасения свыше 2000 молодых жизней».

Адмиралу Небогатову и командирам кораблей было предъявлено обвинение в сдаче без боя эскадры противнику при возможности продолжать сопротивление. В отношении других чинов командного состава эскадры обвинение согласно обвинительному акту формулировалось в таком виде: «Будучи осведомлен о принятом начальником эскадры и командирами судов решении сдать без боя и вопреки требованиям воинской чести и правилам Морского устава броненосцы наши неприятелю, он в нарушение присяги и верности службы, имея возможность предупредить это преступление, заведомо допустил содеяние оного». Преступление это предусмотрено статьей 279 Военно-морского устава о наказаниях.

По делу было допрошено свыше 200 свидетелей из состава нижних чинов команды, врачебного персонала и младших офицерских чинов. В числе свидетелей защиты был допрошен адмирал Рождественский.

Свидетельские показания установили факт сдачи эскадры без боя, несмотря на боевое настроение команд. Судебный процесс обратил на себя напряженное общественное внимание. Однако военно-морской прокурор начал речь с преду­преждения об ошибочности мнения общества о том, что суд выяснит все причины Цусимского разгрома. Конечно, политические условия царской России не позволяли этого сделать. Впрочем, в той или иной степени их коснулись не только 12 защитников на процессе, но и сам прокурор. Он допускал объяснение поражения тем, что: 1) посылка эскадры Небогатова на восток была величайшей ошибкой; 2) соединение в одну эскадру судов различных типов и скоростей было пагубным; 3) адмирал Рождественский как флотоводец допустил ряд грубых ошибок: не выработал план боя, не перекрасил суда в боевой цвет, перегрузил их углем, избрал для прорыва неверный путь, не выслал вперед разведчиков, соединил в одну колонну три отряда, различных по составу и скорости, взял с собой в бой транспорты, связывавшие эскадру, не сделал распоряжений на случай своего тяжкого ранения или смерти, вследствие чего суда эскадры остались без руководителя. Все эти причины Цусимского поражения, перечисленные прокурором, сводились к бездарному руководству начальника флота, к неподготовленности морских судов к боевым действиям. Свидетельскими показаниями было установлено, что в день гибели русского флота — 14 мая — снаряды с русских кораблей не долетали до неприятельских судов, в то время как орудия последних уже громили русские суда. На одном из кораблей во время боя фугасные снаряды оказались начиненными ­песком — это были учебные снаряды.

В своей обвинительной речи товарищ прокурора подробно остановился на степени участия каждого из подсудимых в произошедших событиях. Он поддержал обвинение, предъявленное высшим офицерам эскадры, в то же время отказавшись от обвинения большинства низших офицеров.

Речи защитников отличались разнообразием. Так, некоторые речи строились исключительно на юридическом анализе обвинения и норм действующего законодательства. Они отличались лаконичностью, логичностью, но из-за некоторой сухости не были надлежащим образом восприняты судом. Другие присяжные поверенные использовали не столько юридическую формулировку, сколько пламенные призывы и рассуждения о допустимости сдачи в безысходном положении, они апеллировали не к букве закона, а к чувствам судей. Эти речи не изобиловали доказательствами юридического свойства, но были полны остроумных сравнений и красивых громких слов.

По окончании прений суд удалился и после 8-часового совещания вынес следующую резолюцию.

Суд признал виновными в сдаче броненосцев без боя при возможности защищаться Небогатова, Смирнова, Лишина и Григорьева. Все они были приговорены к смертной казни, но суд, приняв во внимание смягчающие вину обстоятельства, ходатайствовал, как было уже указано, перед царем о замене смертной казни заточением в крепости каждого на десять лет. Эта просьба была удовлетворена, и приговор 25 января 1907 года был конфирмован. Срок фактического отбывания наказания был еще короче — все упомянутые офицеры были помилованы в течение 3 лет.

Суд признал, что броненосец «Орел» находился в состоянии невозможности продолжать бой вследствие множества полученных повреждений и понесенных потерь, в связи с чем (Статья 354 Военно-морского устава) командир ­броненосца капитан 2-го ранга Шведе и все офицеры признаны в сдаче невиновными.

Также признаны виновными и приговорены: капитан 2-го ранга Кросс (участник и фактический инициатор сдачи) к заключению в крепость на 4 месяца, капитаны 2-го ранга Ведерников и Артшвагер к заключению в крепость на 3 месяца и лейтенант Фридовский к заключению в крепость на 2 месяца.

Остальные офицеры эскадры, как не нарушившие долг службы и присягу, были оправданы.